透射电子显微镜是光学仪器，尤其科研实验室使用的进口透射电子显微镜更动不动数万至数十万元，也 有公司的销售人员宣称他们的一只物镜比一1辆汽车还要值钱。所以使用时必须小心，有以下一些方面尤其注意。
(1)低倍镜到高倍镜观察低倍镜头的工作距离较长，确定好视野后转动到高倍物镜镜时，一定要从侧面仔细察看，此时经常因为高倍镜头工作距离过小而使镜头与载物台或载玻片撞上，如果用力过猛，非常容易伤害到镜头。对于此种操作，可以先降低载物台，转换物镜，再用微调垂直调整焦距。
(2)油镜观察油镜的工作距离很短，一般在0.2mm以内，因此使用油浸物镜时要特别小心，一定要使用微调调焦，否则非常容易一个不小心将载玻片压碎。将片子压碎倒是没有什么大问题，可是玻璃碴损害到物镜你就惨了！
(3)非油镜观察油镜因为在设计上考虑到油，所以密封都比较严密；但是对于不是油镜的物镜密闭程度就没那么好了。所以使用完油镜，改用其它物镜的时候，物镜很容易碰到玻片上的油，尤其是跟油镜相邻的高倍镜头，比如40倍。物镜进油是很麻烦的，几乎无法处理。即使返厂，也是把物镜整个拆开，重新清洁。公司可能要跟你收一只新物镜的费用啊！
(4)清洁用脱脂棉签蘸乙醚酒精混合液(7：3)在镜头圆心从内到外划圈。注意：棉花要缠好，千万不要让硬的签儿触到镜头表面；棉花用过一次就换新的，防止小沙粒划破镜头表面镀膜；擦镜头的原则是：宁可擦不干净，也不要擦坏；实在不行还可以找公司的人来擦嘛！
